近日，中国水产科学研究院黄海水产研究所虾类遗传资源与育种团队在凡纳滨对虾经济高效基因组选择技术研发方面取得新进展，相关成果发表于International Journal of Molecular Sciences、Scientific Reports等国际期刊。
凡纳滨对虾是全球产量最高的养殖虾类。基因组选择能够提高育种值评估精度和遗传改良效率，但高密度基因分型成本较高，制约了其在商业化育种群体中的规模化应用。针对这一问题，研究团队围绕低密度SNP芯片开发、系谱辅助基因型填充和多SNP标记信息增强等关键环节，构建了经济高效的基因组选择技术体系。
研究团队开发了“黄海芯1号”1K SNP芯片，该芯片包含1140个高信息量标记，可用于低成本基因分型和分子系谱重构（国家发明专利：ZL 202410431050.9）。在实际育种群体中，该芯片实现了72个家系、1818个个体的100%精准识别，并可将混养测试提前至PL20阶段，有效降低共同环境效应对选育结果的干扰。在此基础上，团队建立了1K至55K SNP系谱辅助基因型填充方法，填充准确度最高可达0.88—0.89；填充后基因型的基因组预测能力达到0.45—0.47，接近真实55K面板水平。采用“亲本55K分型+子代1K分型+基因型填充”的方案，相比之前采用的群体全部55K分型的方案，可在保持较高预测性能的同时，将总基因分型成本继续降低60%以上。
研究团队进一步研究并首次将多SNP标记（multi-SNP，mSNP）策略应用于凡纳滨对虾真实育种群体。该策略基于1K SNP固定位点区域获取邻近变异信息，在无需双亲和家系同胞构建填充参考群体的情况下，显著增强低密度标记的信息利用效率。结果显示，mSNP面板的最高预测准确性由1K SNP面板的0.441提升至0.492，提高约11.6%，预测效果与55K面板相当；配合填充后，mSNP面板的最高预测准确性可进一步达到0.509。
上述研究为凡纳滨对虾基因组选择规模化应用提供了经济高效的技术方案。截至目前，“黄海芯1号”系列芯片已在邦普种业科技有限公司、广东海兴农集团有限公司、海南中正水产科技有限公司、浙江省海洋水产养殖研究所等多家国内育种主体落地应用，累计检测个体超3.5万尾，为我国凡纳滨对虾种质改良和产业技术升级提供了关键支撑。
黄海所傅强助理研究员、中国农业科学院硕士生吕天赞、南京农业大学博士生刘绵宇分别为相关论文第一作者，孔杰研究员、栾生研究员、周浩副研究员和徐跑研究员等为相关论文通讯作者。该系列研究获国家虾蟹产业技术体系、国家自然科学基金、国家重点研发计划、山东省重点研发计划、山东省自然科学基金、泰山学者等项目支持。
全文链接：
Fu,Q.et al.Development and Applications of a 1K SNP Panel for Whiteleg Shrimp:From Pedigree Reconstruction to Genomic Selection.International Journal of Molecular Sciences 2026,27（11），4665.DOI: https://doi.org/10.3390/ijms27114665
Lv,T.et al.Local Enrichment of Multi-SNP Markers Improves Genomic Prediction from Low-Density Genotyping in Pacific White Shrimp.International Journal of Molecular Sciences 2026,27（14），6202.DOI: https://doi.org/10.3390/ijms27146202
Liu,M.et al. Pedigree-assisted Genotype Imputation Enables Cost-effective Genomic Prediction in Penaeus vannamei. Scientific Reports 2026,16,16656.DOI: https://doi.org/10.1038/s41598-026-47716-y
